Το λιμάνι της Κω συνδέεται ακτοπλοϊκά με το λιμάνι του Πειραιά, τη Ρόδο, τη Σύμη, την Πάτμο, την Κάλυμνο και τη Νίσυρο. Σύνδεση πιο αραιή, ορισμένες ημέρες της εβδομάδας, υπάρχει και με την Κάρπαθο, τη Λέρο, τη Σύρο, τη Σαντορίνη, την Αστυπάλαια, την Αμοργό, το Καστελόριζο, τους Λειψούς, τη Σύμη, την Τήλο και τη Χάλκη.
Το ταξίδι από το λιμάνι του Πειραιά για την Κω διαρκεί περίπου 12 ώρες, ενώ από την Κω υπάρχει σύνδεση με το λιμάνι Μπόντρουμ της γειτονικής Τουρκίας στην κοντινή απόσταση των 20 με 40 λεπτών, τα νησιά των Κυκλάδων, τη Θεσσαλονίκη, τη Χίο και τη Μυτιλήνη, με δρομολόγια που ποικίλουν σε συχνότητα ανάλογα με τη ζήτηση και την τουριστική κίνηση.
Το Μανδράκι βρίσκεται στη νότια πλευρά του λιμανιού της Κω με 80 θέσεις πρόσδεσης για σκάφη έως 70 μέτρα και διαχειρίζεται ως επέκταση από την Μαρίνα της Κω.