Der natürliche Hafen von Kos bietet regelmäßige Fährverbindungen von und zu den Häfen von Piräus (Athen), Rhodos, Symi, Patmos, Kalymnos und Nisyros. Weniger häufig ist Kos auch mit den Häfen von Karpathos, Leros, Syros, Santorin, Astypalaia, Amorgos, Kastelorizo, Lipsi, Tilos und Halki verbunden.
Die Fahrzeit vom Piräus nach Kos beträgt ca. 12 Stunden, während es auch Fährverbindungen zum benachbarten türkischen Hafen Bodrum (30-40 Minuten Fahrzeit), nach Nisyros, Kalymnos sowie zu anderen Kykladeninseln, Thessaloniki, Chios und Mytilini gibt, wobei die Fahrzeiten und -termine je nach Jahreszeit und Touristenaufkommen variieren.
Kos Mandraki befindet sich auf der Südseite des Hafens von Kos und verfügt über 80 Liegeplätze für Schiffe bis zu 70 m Länge. Der Hafen wird als Erweiterung des Yachthafen von Kos betrieben.